某军队医学研究所研制开发一种利用磁场作用治疗风湿病的磁性治疗仪，并取得了产品制造方法发明专利。后来，该军队医学研究所发现甲仪器公司制造的一种风湿病治疗仪很类似于自己的专利产品制造方法，认为侵犯了自己的专利产品制造方法，于是向人民法院起诉要求甲仪器公司停止侵权行为，并赔偿给自己造成的经济损失。在诉讼过程中某甲仪器公司否认侵权，因此，应当就下列哪些事实负举证责任？