本题答案为D。监狱负责立案、侦查罪犯在监狱内部的犯罪行为，但法律另有规定的除外。注意，监狱侦查的案件需要满足两个条件：①该犯罪是罪犯实施的；②在监狱内部犯罪。
A项，监狱监管人员指使被监管人体罚虐待其他被监管人的犯罪，并非罪犯实施，而是属于虐待被监管人案，依法应当由检察院立案侦查，监狱无权管辖。A错误。
B项，罪犯在监狱内犯罪可以由监狱立案侦查，但是罪犯在监狱之外所犯的判决时没有发现的罪行，则不能由监狱并案侦查，而应当由有管辖权的公安机关或者检察院立案侦查。B错误。
C项，关于暂予监外执行的批准、决定机关需要分情形讨论①在交付执行前，暂予监外执行由交付执行的人民法院决定；②在交付执行后，暂予监外执行由监狱或者看守所提出书面意见，报省级以上监狱管理机关或者设区的市一级以上公安机关批准。一般而言，被判处有期徒刑罪犯的暂予监外执行是由监狱提出书面意见，报省级以上监狱管理部门批准。但是，如果有期徒刑余刑在三个月以下，刑罚由看守所代为执行，此时，暂予监外执行则应由看守所提出书面意见，报设区的市一级以上的公安机关批准。C错误。
D项，《最高法关于减刑、假释案件审理程序的规定》第一条规定：“对减刑、假释案件，应当按照下列情形分别处理：1.对被判处死刑缓期执行的罪犯的减刑，由罪犯服刑地的高级人民法院在收到同级监狱管理机关审核同意的减刑建议书后一个月内作出裁定；2.对被判处无期徒刑的罪犯的减刑、假释，由罪犯服刑地的高级人民法院在收到同级监狱管理机关审核同意的减刑、假释建议书后一个月内作出裁定，案情复杂或者情况特殊的，可以延长一个月；3.对被判处有期徒刑和被减为有期徒刑的罪犯的减刑、假释，由罪犯服刑地的中级人民法院在收到执行机关提出的减刑、假释建议书后一个月内作出裁定，案情复杂或者情况特殊的，可以延长一个月；4.对被判处拘役、管制的罪犯的减刑，由罪犯服刑地中级人民法院在收到同级执行机关审核同意的减刑、假释建议书后一个月内作出裁定。对暂予监外执行罪犯的减刑，应当根据情况，分别适用前款的有关规定。”可见，根据该条“3”，D正确。

第六节　减刑
第七十八条　【对象、条件与限度】被判处管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑的犯罪分子，在执行期间，如果认真遵守监规，接受教育改造，确有悔改表现的，或者有立功表现的，可以减刑；
有下列重大立功表现之一的，应当减刑：
(一)阻止他人重大犯罪活动的；
(二)检举监狱内外重大犯罪活动，经查证属实的；
(三)有发明创造或者重大技术革新的；
(四)在日常生产、生活中舍己救人的；
(五)在抗御自然灾害或者排除重大事故中，有突出表现的；
(六)对国家和社会有其他重大贡献的。
减刑以后实际执行的刑期不能少于下列期限：
(一)判处管制、拘役、有期徒刑的，不能少于原判刑期的二分之一；
(二)判处无期徒刑的，不能少于十三年；
(三)人民法院依照本法第五十条第二款规定限制减刑的死刑缓期执行的犯罪分子，缓期执行期满后依法减为无期徒刑的，不能少于二十五年，
缓期执行期满后依法减为二十五年有期徒刑的，不能少于二十年。
第七十九条　【程序】对于犯罪分子的减刑，由执行机关向中级以上人民法院提出减刑建议书。人民法院应当组成合议庭进行审理，对确有悔改或者立功事实的，裁定予以减刑。非经法定程序不得减刑。
第八十条　【无期徒刑减刑的刑期计算】无期徒刑减为有期徒刑的刑期，从裁定减刑之日起计算。

其实感觉D答案也有瑕疵：
被判处有期徒刑的罪犯（只有三个月以内刑期）的应该由公安局看守所执行。
而且减刑方面的减刑建议书明确的是有期徒刑由执行机关提建议书，而非监狱。
死缓和无期就是标准的说由省监狱提起报高院。
说明他们对执行机关是包括监狱而还应该有其他机构的。
这个题感觉还是有些瑕疵。
不过不想太多的话，应该不影响选择。