另,"但仲裁条款、仲裁协议无效、失效或者内容不明确无法执行的除外",其中包括对"失效或者内容不明确无法执行"的情形,法院必定是依职权进行审查的,让原告自己申请与法与理都是矛盾的

个人认为法院可以依职权审查.《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>若干问题的意见》第一百四十五条规定，当事人在书面合同中订有仲裁条款，或者在发生纠纷后达成书面仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院裁定不予受理，告知原告向仲裁机构申请仲裁。但仲裁条款、仲裁协议无效、失效或者内容不明确无法执行的除外。
当事人达成仲裁协议，一方起诉，法院受理后，另一方在首次开庭前提交仲裁协议的，人民法院应当驳回起诉，但仲裁协议无效的除外；另一方在首次开庭前未对人民法院受理该案提出异议的，视为放弃仲裁协议，人民法院应当继续审理

很明显,法院看到有仲裁协议/条款如果有明显无效情形的,不会放任自流,若明显无效,不会不予受理再把案件退回给原告,让他重新向法院申请确认仲裁无效(多此一举...)2
所以,我国现行民事诉讼中的操作模式是：在立案审查时如发现合同中订有仲裁条款或双方订有仲裁协议，则依职权对仲裁协议的效力进行主动审查;如经审查认为仲裁协议有效，则不予立案，告知当事人向仲裁机构申请仲裁;当事人坚持起诉的，裁定不予受理。

题目意思是要靠仲裁协议的独立性,答案就不再深究了

主合同无效并不影响仲裁协议的效力-正确。

但是，法院应当受理。如果甲公司在首次开庭前未对人民法院提出管辖权异议，出庭应诉答辩，视为放弃仲裁协议，人民法院有管辖权；如甲公司在首次开庭前提交仲裁协议的，人民法院应当驳回起诉。

《民诉法意见》第148条亦做出相关规定：“当事人一方向人民法院起诉时未声明有仲裁协议，人民法院受理后，对方当事人又应诉答辩的，视为该人民法院有管辖权。”解答本题需要注意区分法院因仲裁协议无效而取得管辖权、与因当事人放弃仲裁协议而取得管辖权这两种情况。本题考的是后一种情形。

判断仲裁协议是否有效必须要当事人申请，法院不能主动审查。

判断仲裁协议是否有效必须要当事人申请，法院不能主动审查。

C项不对，判断仲裁协议是否有效必须要当事人申请，法院不能主动审查。

C选项应该也是正确的——法院应就仲裁协议的效力进行审查，仲裁协议无效的，依法受理 。